如前所述，在总体改革战略指导下的中国金融体制改革的推进是分阶段进行的。在改革的早期阶段，出于加速工业化和促进经济增长的需要，经济体制改革的重心是建立工业部门的现代化企业制度，首先是从原国有企业的分配制度入手，放权让利，进而承包，最终建立以产权纽带为中心的股份制企业。与之相适应，在这一阶段，金融部门的改革是旨在建立独立于原有财政体系的市场取向性的金融体系，目的在于创造与企业改革相适应的外部环境。在改革的后期阶段，当工业部门现代企业制度基本建立，改革的重心逐渐转移到建立并完善包括财税、社保、医疗、教育及政府行政体制方面，不仅对原金融机构的企业化改造提出了要求，同时也为其缔造了外部环境，以国有商业银行为代表，以股份制改造为中心的金融机构企业化改造便不可逆转。以此为线索，从时间流程上看，中国金融体制改革大致可分为两个阶段，即1978—2003年，金融体制宏观层次改革阶段；2003年后，金融体制微观层次改革阶段。分述如下：
第一阶段（1978—2003）：建立独立于财政的市场取向的金融体系。
1978年以前，我国实行高度集中的计划经济体制，在这一体制下，金融活动从属于财政，中国人民银行附属于财政，金融活动与财政活动合为一体，金融业务与金融机构高度一元化，中国人民银行既承担国家职能也从事日常经营性金融业务，具有政府机关和企业的双重性质，而随着市场取向性经济体制改革的展开和深化，原有的高度一体的财政金融体制开始出现革命性的变化：
1.典型的中央银行和商业银行的双层银行体系开始形成并确立。1984年1月1日，中国人民银行的营业性业务被分离出来组建中国工商银行。中国工商银行与此前恢复或新建的中国银行、中国人民建设银行和中国农业银行一同开始形成中国专业银行体系，更为重要的是，由此时起中国人民银行开始具备中央银行的功能，成为银行的银行。与此相适应，财政对国有企业不再拨款，改为由银行贷款（拨改贷），至此，金融的功能与财政的功能得到初步分离，独立于财政的金融体系初见端倪，分业经营分业监管的金融体系开始形成并确立。在建立双层银行体系的基础上，20世纪80年代中期，在发展和壮大四大国有专业银行的同时，借鉴其他部门“双轨”的改革经验，一方面允许国有法人股份制或地方性银行机构的发展。另一方面，采取试验的办法，鼓励诸如信托、保险、证券等非银行金融机构的发展。这不仅丰富了传统银行的层次，而且因非银行金融机构的出现和发展，初步形成了金融体系。并由于这一体系的形成，中国人民银行开始具有了监管的职能。
2.1990年上海、深圳证券交易所建立，中国人民银行正式颁布《证券公司管理暂行办法》，明确提出证券公司是专门经营证券业务的金融机构，金融业分业经营的雏形开始出现。随着非银行金融机构数量的增多，规模的扩大，监管的重要性日益凸显。为了控制多层次金融体系各业态之间的风险传递，1993年，分业监管作为原则明确写入国务院的有关文件，随后相继成立证监会和保监会。2003年中国银监会成立，标志着作为中央银行的中国人民银行不再承担监管的职能，而专门负责金融宏观调控、实施货币政策和维护金融稳定。此时，中国分业经营分业监管的金融体制最终确立。
3.金融市场开始发育并丰富化。随着包括银行和非银行金融机构的出现和发展，金融市场也开始发育。但是观察表明，以20世纪90年代为分界线，中国金融市场发育出现了质的飞跃。90年代前，金融市场基本处于自发状态，不仅市场分割严重，而且交易极不规范。90年代以后，以上海、深圳证券交易所成立为标志，自发的区域性市场开始成为规范统一的全国性市场，并日益丰富化，包括证券、期货、外汇资金和贵金属等在内的专业市场不断发展。
第二阶段（2003—）：以国有专业银行股份制改造为代表的金融机构微观机制再造。
进入21世纪，随着中国金融体系的基本成型，标志着金融体制改革的第一项任务，即独立于财政的市场取向金融体系已基本完成。但是金融体系的微观基础总体上依然是非市场化或半市场化的，其明显的特点就是金融机构还不是经营货币的企业。在此前的改革中，以国有银行为代表的金融机构虽也进行过改革的努力，例如多级法人制改为一级法人制，一逾两呆改为五级分类，成立了专门针对银行呆坏账的不良资产管理公司，同时也相应地进行了坏账剥离和资本金注入。但是相对于其他部门而言，其微观基础再造还是明显滞后，最突出的一点就是没有建立以产权为纽带的现代企业制度，其治理结构依然雷同于政府机构，其经营理念仍是传统计划的，而不是基于市场竞争的，由此决定了金融机构没有自担风险的机制，无法自负盈亏。这突出地反映在四大国有专业银行上，主要表现为：一是不良贷款率过高。2003年年底，四大国有商业银行的不良贷款率达20.4%。二是资本金不足。如2003年年底，中国工商银行的资本充足率为5.52%，而中国农业银行的资本充足率估计仅为4%。三是经营效率低下。中国银行业的成本／收入比率远远高于国际平均水平，员工和分支机构的创利能力差。四是风险审核系统和风险管理系统技术落后，制约了银行开拓高回报的业务渠道。五是信息科技落后，主要表现在数据处理中心互不兼容，不同银行间不能有效处理及共享信息资源。
形成金融体系微观基础再造滞后的原因，除金融机构内部因素外，更重要的是中国经济体制渐进式改革的特点所致。在改革的早期阶段，国有工业企业是改革的重心，为支持这一改革，金融机构承担了外部稳定器的作用，主要发挥融资渠道的功能，而现代金融机构风险管理功能则被漠视。因此，金融体系承担了整体改革的相当大的成本，支持和援助改革的进行。据2002年国有专业银行清产核资时的初步统计，80%的不良贷款形成的原因在于国有企业或国家政策，只有20%的不良贷款是银行本身的原因造成的。在金融体系发挥支持和援助整体经济体制改革的前提下，金融机构既无动力也无必要进行企业化改造。
然而，进入21世纪，金融体系非市场化或半市场化的微观基础已难以维持。一方面，高不良贷款率和低资本充足率，使银行陷入资不抵债的境地。从极端意义上讲，中国的四大专业银行已在技术上破产了，更遑论持续经营。另一方面，中国金融业也面临着加入WTO后竞争趋于激烈化的挑战。根据入世协议，中国将在5年内向外国商业银行全面开放中国市场。
面对国内金融机构的窘境和加入WTO后外资金融机构竞争的威胁，必须开始对金融机构进行企业化改造，力图使之尽快成为真正的市场主体。中国金融体制改革进入微观基础再造即金融机构企业化改造的新阶段。2004年1月1日，以中央汇金公司成立，并向中国银行和建设银行各注资225亿美元为标志，拉开了专业银行企业化改造的大幕。与过去的改革相比较，此次改革是从产权结构调整入手，重塑银行内部流程，再造机制，把银行真正办成经营货币的企业。在这一总目标的统领下，有三个相对独立又相互关联的分目标呈现出来：
1.以清理银行资产负债表为契机，重塑国家资本与银行的关系。其核心环节是建立有限责任机制，及国家通过汇金公司行使出资人权利，并以出资额为限承担有限责任。因此，国家不再对银行的经营好坏承担无限责任，银行的经营业绩由银行负责，自担风险。鉴于当时国有专业银行资不抵债的状况，并考虑到形成这一局面的政策原因，这一有限责任关系的建立是通过国家向商业银行注资并承担剥离坏账进行的。
2.以股份制改造为契机形成良好的公司治理结构。通过剥离国有银行坏账，向银行注资建立符合商业银行经营要求的健康的资产负债表。不仅一次厘清了国家与银行的关系，而且使银行有了可供商业化经营的基础。
但是这并不能保证注资和剥离坏账就是最后的晚餐，因为尚未形成自担风险、自负盈亏的机制。为此就要从调整产权结构入手，进行股份制改造，以建立良好的公司治理结构。具体的措施是引进国内外战略投资者，建立董事会并由董事会聘任管理层。并通过在海内外市场的公开上市，以加强市场纪律的约束，保证银行沿着商业化轨道谨慎运营。
3.以银监会成立为契机，实现行政与监管的分离，建立独立于政府行政权的第三方专业监管，强化外部监管。长期以来，国有专业银行作为政府行政的附属机构，对其金融业务的监管自然由行政代为从事。监管质量不高一直是中国金融体系一大弊端。中国银监会的成立，强化以资产负债为主要内容的专业监管，有助于银行风险管理水平的提高，相应地提高了银行资产的安全程度。
以上金融体制改革的两项基本任务，既使独立的金融体系和金融机构企业化改造相对分离，分别进行，本身也呈现出了渐进的特点。这一独特金融体制改革安排既满足了整体改革平稳推进的需要，同时也创造了自身改革的条件。随着金融体制改革的持续推进，适合于中国经济运行和发展的完整的金融体制已开始显现：
在政府层面，表现为中国人民银行目标。这个层面主要由中国人民银行充当中央银行的职能，其目标是保卫人民币的币值稳定，使用包括货币供应量、利率、汇率等货币政策工具，促进经济健康持续发展。
在监管层面，表现为金融监管机构目标。这个层面主要由银监会、证监会、保监会行使分业监管的职能，其目标是按照金融机构的类型进行功能监管，运用包括金融许可证，高级管理人员任职资格及其他专业监管措施的工具保证金融机构的合理合法运营。
在金融机构层面，表现为金融企业的目标。这个层面由银行、证券公司、保险公司、财务公司、信托公司、基金公司等金融机构组成，其目标是成为股东利益最大化的营利机构，使用的工具就是以风险控制为中心的商业化运营体系。
综上所述，截至目前，与典型市场经济的金融体系相比较，中国金融体系已基本健全，不仅有较完善的货币政策和监管体系，而且有类型各异、扮演不同角色的银行或非银行金融机构。更为重要的是，随着这些机构已初步走上市场化的运营轨道，市场机制已开始在生产要素配置方面发挥基础性的作用，中国金融由此揭开新的一页。
