《太祖实录》凡三修，《明史》卷九七《艺文志》二记：《明太祖实录》二五七卷，建文元年（1399）董伦等修。永乐元年（1403）解缙等重修。九年（1411）胡广等复修。起元至正辛卯（1351），讫洪武三十一年戊寅（1398），首尾四十八年。万历时，允科臣杨天民请，附建文帝元、二、三、四年事迹于后。
沈德符《野获编》卷一：洪武三十一年（1398）八月，建文君新即位，征江西处士杨士奇充实录纂修官。至建文元年正月，始大开局修《太祖实录》。时总裁为礼部侍郎董伦、王景彰，副总裁为太常卿廖升、侍讲学士高逊志，纂修官为国子博士王绅、汉中府教授胡子昭、齐府副理审杨士奇、崇仁县训导罗恢、马龙他郎甸长官司吏目程本立。而监修者则未之闻。
至洪武三十五年七月，实建文四年也，文皇帝新即位，以前任知府叶仲惠等修《太祖录》，指斥靖难君臣为逆党，论死籍没。本年十二月始命重修，其时监修者为曹国公李景隆、忠诚伯茹瑺，虽文武各一人，皆勋臣也。永乐九年，又以景隆、瑺等心术不正，编辑不精，改命姚广孝、夏原吉为监修，其纂修则属之胡广等，又命杨士奇、金幼孜佐之，而总裁则属祭酒胡俨，学士黄淮、杨荣。
此以初修本指斥靖难为叛逆，故命再修，又以再修之监修官李景隆、茹瑺心术不正，编辑不精，故命三修。二修时焚初修本，至三修时又毁二修本，前二本俱不可得见，《野获编》卷一又记：本朝《太祖实录》修于建文中，王景等为总裁。后文皇帝靖难，再命曹国公李景隆监修，而总裁则解缙，尽焚旧草。其后永乐九年复以为未善，更命姚广孝监修，总裁则杨士奇，今所传本是也。然前两书所修，则不及见矣。
顾亭林亦指出二修、三修本之不同，要点在靖难一事，并揭出实录之特殊书法，《亭林文集》卷三《答汤荆岘书》：《太祖实录》凡三修，一修于建文之时，则其书已焚，不存于世矣。再修于永乐之初，则昔时大梁宗正西亭曾有其书，而洪水滔天之后，遂不可问。
今史宬及士大夫之家讳实录之名而改为《圣政记》者，皆三修之本也。然而再修、三修所不同者，大抵为靖难一事，如弃大宁而并建立之制，及一切边事书之甚略是也。至于颍、宋二公若果不以令终，则初修必已讳之矣。闻之先人曰：实录中附传于卒之下者正也，不系卒而别见者变也、当日史臣之微意也。今观卒后恩典之有无隆杀，则举一隅而三可反矣。
徐健庵则以为成祖为亲讳过举，故三修本极失实，其所上《修史条议》云：《太祖实录》凡三修，一在建文之世，一在永乐之初，今所传者，永乐十五年重修者也。前二书不可得见，大要据实直书，中多过举，成祖为亲隐讳，故于重修时尽去之。其实太祖御制文集诰命，未尝讳也。今观此书疏漏舛误，不可枚举，当一一据他书驳正，不得执为定论。
夏燮最后出，其持论乃最精。燮以为再修、三修之用意，只在证明成祖确为高皇后所出，故懿文、秦、晋三兄死后，伦序当立。《明通鉴》卷首义例：明成祖于建文所修之太祖实录，一改再改，其用意在适出一事。盖懿文太子薨，则其伦序犹在秦、晋，若洪武之末，则秦、晋二王己薨，自谓伦序当立，籍以文其篡逆之名也，并引周王为五人同母者，盖燕、周本同母也。
《明史·黄子澄传》曰：“周王，燕王之母弟，削周是翦燕手足也。”此初修本之仅存者。解缙奉诏再修，尽焚原草，而独存此数语者，盖缙等欲取媚成祖，遂谓懿文太子，秦、晋二王皆诸妃出，唯燕、周二王同为高后生，以证立嫡立长，礼之所宜。是则缙之所谓同母，乃母高后，与子澄传中同母之语，词同而意异矣。缙之得罪在永乐九年，时必有谮之于成祖者，谓“懿文庶出之语，骇人听闻，修实录者留此罅漏，以滋天下后世口实”。于是成祖并疑李景隆、茹瑺心术不正（语见沈氏《野获编》），乃于九年复命姚广孝、夏原吉等为三修之役，而杨士奇等主之，因自懿文太子以下五人悉系之高后所出，遂为定本。而忘却子澄“同母”一语，自相矛盾，未及追改，又入之《永乐实录》中，而燕、周二王之为庶出，反成铁证，是目论不自见其睫者也。
燮又据《永乐实录》，证明《太祖实录》三修本，凡于成祖后来帝业有关处，都为二修、三修时所伪撰窜入，以为成祖之篡夺，乃出高祖之遗意之张本。其言曰：家藏《永乐实录》，系京师所购之钞本全帙，撰《通鉴》时详加校阅。成祖自受封燕王以及防边之命，靖难之由，无不与所改之《太祖实录》先后同符。
《永乐实录》中有“皇考本欲立联”语，则预改《太祖实录》东阁门召谕群臣，增入“国有长君，吾欲立燕王”，又增入刘三吾对“置秦、晋二王于何地”语；以肃清沙漠为一人之功，则预于《太祖实录》中窜入“晋王无功”及“欲构陷成祖”之语；三十一年防边，与辽王并命，成祖欲以节制之师为易储之券，则于《太祖实录》中增入“五月帝命杨文、郭英从辽王备御开平，俱听燕王节制”之语（原文“命杨文听燕王节制，郭英听辽王节制”。不谓辽王亦同在燕王节制中也）。
“太祖不豫，遣中使召王，至淮而返”，语具《永乐实录》，复又于《太祖实录》中窜入“敕符召燕王还京师，至淮安，用事者矫诏却还”，及“帝临崩，犹问燕王来未？”之语。种种伪撰，无非欲以《太祖实录》为之张本，此再修、三修之所由来也。
综上所述，自沈景倩以下，对于《太祖实录》再修、三修之用意，各为一面之阐究。合而论之，盖重修之故，固一以建文遗臣之指斥，一以欲隐太祖生前之过举，一以歌颂靖难之举之为应天顺人。而其最重最要者，实为“适出”及伪撰太祖本欲立燕王之故事，以自解于天下后世也。二修实录之着重“适出”一事，解缙于《进实录表》中明明道出，详具后文。
《太祖实录》之第一次纂修，姜清《姜氏秘史》卷二记：己卯建文元年春正月，敕修《太祖高皇帝实录》。以礼部左侍郎兼翰林院学士董伦、右侍郎兼翰林院学士王景彰为总裁官，太常寺少卿廖昇、翰林院侍读学士高逊志为副总裁官，翰林院修撰国子监博士王绅、陕西汉中府学教授胡子昭、齐府审理副杨士奇、江西崇仁县训导罗恢、云南马龙他郎甸长官司吏目程本立等为纂修官。给大官馔，宠眷有加。
据《秘史·程本立传》，时同纂修者又有礼部郎中夏正善，史官钱塘高让、庐陵吴勤、赵友士、端孝思、张秉彝、唐耕，修撰李贯，编修吴溥、杨溥、杨子荣、刘嵚，侍书刘彦铭等。据《明史》卷一四三《程通传》，又有叶仲惠，以直书靖难事为成祖所族诛，传言：叶仲惠，临海人，与兄夷仲并有文名，以知县征修《太祖实录》，迁知南昌府。永乐元年坐直书靖难事，族诛。
沈景倩记“文皇帝新即位，以前任知府叶仲惠等修太祖录，指斥靖难君臣为逆党，论死籍没。”知永乐元年以初修案被诛籍没者除叶仲惠外，尚有多人，然以史文缺乏，其姓名已不可考矣。
成祖即位后，即诏重修《太祖实录》，《明成祖实录》卷一三：洪武三十五年（1402）十月己未，修《太祖高皇帝实录》。敕太子太师曹国公李景隆、太子太保兼兵部尚书忠诚伯茹瑺曰：“比者建文所修实录，遗逸既多，兼有失实，朕鉴之诚有歉焉。今命儒臣，重加纂修，务在详备，庶几圣德昭明，垂裕万世。尔景隆，国之懿戚，自少暨壮，服事皇考，庙谟睿略，多所闻知，今特命尔监修。瑺，祗事先帝，多历年载，信任弥笃，当时圣政，亦所悉焉，其为之副。当端乃心，悉乃力，用著成一代之盛典，岂不唯仰答先朝宠遇之厚，亦以副予惓惓之孝。钦哉！”
次日又敕谕修实录官，同书记：三十五年十月庚申，谕修实录官曰：“自古帝王功德之隆者，必有史官记载。……比建文中，信用方孝孺等纂述实录，任其私见，或乖详略之宜，或昧是非之正，致盛美弗彰，神人共愤，蹈于显戮，咸厥自贻。今已命太子太师曹国公李景隆为监修，太子少保兼兵部尚书忠诚伯茹瑺为副监修。尔等皆茂简才识，俾职纂述，其端乃心，悉乃力，以古良史自期，恪勤纂述，必详必公，适昭我皇考创业垂统、武功文治之盛，与乾坤相为无穷，斯汝为无忝厥职矣。钦哉！”
两日内谆谆指斥初录，而勉纂修诸巨以端心悉力，必详必公，此其意自有在也。至实录将成时，又贿以重利，縻以好官，《明成祖实录》一九下：永乐元年（1403）五月丙申，上以《太祖皇帝实录》将成，命礼部预定赏格。……遂亲定监修官、总裁官、纂修官、催纂兼誊写官等白金彩币有差。
卷二〇：六月辛酉，监修国史太子太师曹国公李景隆等、总裁官翰林侍读学士解缙等上表进《太祖高皇帝实录》。是日如所定赏格赐景隆等八十六人。
复升擢诸纂修官中外职任：六月丙寅，以实录成，升纂修官吏部郎中徐旭为国子祭酒。太常博士钱仲益，知县杨觏、梁潜、王褒为翰林修撰。国子助教王达，给事中朱纮为编修。行人蒋骥为检讨。国子博士金玉铉为翰林五经博士。晋府伴读苏伯厚为翰林侍书。教谕解荣、刘宗平为待诏。教授张显为国子学正。训导傅贵清、罗师程为国子学录。知府刘辰为江西布政使司左参政。礼部郎中胡远为左参议。
广东按察司佥事李烨为福建布政使司左参议。知县赵季通例应升而以疾乞教职，授国子博士。佥事叶砥改吏部考功郎中，知县唐广云改监察御史，楚府教授吴勤改开封府学教授。升誊写官主事陆颙为礼部员外郎，端孝思为兵部员外郎。擢监生钟子成、陈彝训、刘谦、沈文为中书舍人。梁逢吉、叶蕃、沈绍先、华嵩、乔岳、卫浩、郑中、余从善、陈俊良为监察御史。生员金寔为翰林典藉。汪锜等十人为知县。
实录重修表，解缙撰：
解缙
伏以圣人受命，启万世之鸿基；史氏纂书，示百王之大法。是故尧、舜之事，载于典谟；文、武之政，布在方策。昭明日月，炳燿丹青，俾文献之足征，实古今之通义。矧创业垂统，皆在于贻谋；而继志述事，敢忘于记载。鼎彝有勒，圣哲相承，铺张极盛之宏休，扬厉无穷之伟绩，历述前闻之作，允为达孝之规。
钦唯太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝应千年之景运，集群圣之大成。天命眷顾之隆，起徒步不阶于尺土；人心悦服之固，未三年已定于京都。龙飞云从而华夏伏以圣人受命，启万世之鸿基；史氏纂书，示百王之大法。是故尧、舜之事，载于典谟；文、武之政，布在方策。昭明日月，炳燿丹青，俾文献之足征，实古今之通义。矧创业垂统，皆在于贻谋；而继志述事，敢忘于记载。鼎彝有勒，圣哲相承，铺张极盛之宏休，扬厉无穷之伟绩，历述前闻之作，允为达孝之规。钦唯太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝应千年之景运，集群圣之大成。
天命眷顾之隆，起徒步不阶于尺土；人心悦服之固，未三年已定于京都。龙飞云从而华夏蛮貊罔不率服，日临月照而山川鬼神莫不攸宁。有过化存神之妙，有绥来动和之应。英杰不期而会，遐迩不令而从，尽收当世之贤才，大拯生民于水火。群臣归命，不戮一夫；元主遁荒，礼遣其嗣。四方幅员之广，亘古所无；中囯先王之典，悉复其旧。传圣贤道学之统，守帝王心法之言，罢黜百氏，弥纶六经，范围化工，曲成万物。天休滋至而兢业贯乎始终，诸福毕臻而谦抑统乎表里。
在位之久，三十余年，升遐之日，万方哀悼，比于近古，邈焉罕俦。汉高年不登于中寿，光武运仅绍于中兴，唐高祖因隋之资，宋太祖乘周之业，元世祖席累代之威，皆未有若此之盛者也。钦唯孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后天生圣善，克相肇基，侧微德迈于嫔虞，开创功超于胥宇，永协坤元之吉，夙开文定之祥。鸣鸠均众子之恩，螽斯衍百男之应，保合承天之庆，简能造化之仁。
历考古之后妃，盖莫盛乎周室，然挚任诞圣，而无辅运之绩；邑姜辅运，而无诞圣之祥。矧皆起于邦君，或克承其世绪，降及近世，皆非等伦。若夫同起布衣，化家为国，调元翊运，参机赞谋，正位中宫，十有五年，慈训昭明，文德通理，邦家承式，天下归仁，万世永赖，自古以来，未之有也。钦唯皇帝陛下，体和乾坤，重华日月，上天申命，卓然中兴，焕帝尧之文章，缵武王之继述，孝事太祖，有见而知。发兰台记注之书，而征以藩邸之副；抽金縢石室之秘，又考于世家之藏。
爰当嗣位之初，首颁修史之诏。臣缙总裁臣某等纂修，慎选多士，宴锡便蕃，即开馆于禁中，屡翻阅于几暇，以百人之众，历期年之久，唯务校雠之事，实无黼黻之能。巍巍道冠于百王，荡荡功超于千古，是知礼乐征伐所自，必有训诰之文；云霞华卉之生，何劳绘画之力？仰青天而瞻象纬，尚奚罄于名臣；开玉府而见璠玙，唯自庆其希遇。因文序次，莫抽一辞之赞扬；据事直书，永示万年之大训。谨撰述太祖实录一百八十三卷，缮写成一百六十五册，谨伏阙上进。臣缙等无任瞻天仰圣，惭惧屏营之至，谨奉表以闻。（《解文毅公集》卷一）
此表以高祖、高后并列并颂，“诞育圣躬，万世永赖”云云，特著成祖为高后所生，二修之微意在此，解缙之得罪亦以此。明人何孟春于此表亦特加注意，《余冬序录外篇》：
国朝《太祖高皇帝实录》，永乐初命曹国公李景隆暨翰林学士解缙等，后命户部尚书夏原吉等，凡经修进二次。解缙表内开一百八十三卷，计一百六十五册，以元年六月十五日进。夏元吉表内开二百五十七卷，计二百五十册，又宝训十五卷，计十五册，以十六年五月一日进。解表今载《皇明文衡》，夏表刻其家集可考也（按夏元吉有《夏忠靖公遗集》，表见集卷一）。
夏表乃是约解表语为之者，其云“颁修史之诏，在嗣位之初，爰纂成书，实由圣断，谓事贵直而文贵简，理必明而义必彰，乃敕命乎儒臣，重编劘于岁月”。所以见再修者此数语耳。实录既出再修，而编《明文衡》之人，乃载其初进之表，殆有深意。
二修实录之纂修官中刘辰特可注意，辰为太祖初起时之幕僚，多知国初事，所著《国初事迹》今有传本。再修时李景隆即荐其入史馆，史成被殊擢，晚年又赐文币，盖辰于三朝事多亲历，再修多曲笔，非罗致之不足以灭其口也。
《明成祖实录》卷一三〇有辰小传：永乐十年七月丙午，刑部致仕左侍郎刘辰卒。辰字伯静，金华人。慷慨负气，好辨论。初李文忠镇浙东，辟辰掌簿书。后以亲老辞归。建文初用湖广道监察御史升镇江府知府。上初即位，修《太祖高皇帝实录》。李景隆言辰涉知国初事，召至数被顾问。升江西布政司左参政，辰居官勤，未几坐累免，逾年复起为北京刑部右侍郎，而留南京者三年。至是念其老，赐敕及钞文绮，俾致仕。时已疾作，遣医送归，出京数日卒，年七十有八。辰志于有为，然疏略少实云。
至永乐九年十月，又敕命重修《太祖实录》。《成祖实录》卷一二〇：九年十月乙巳，命重修太祖高皇帝实录。上即位之初，命曹国公李景隆等监修，而景隆等心术不正，又成于急促，未及精详。上巡幸至北京之初，命翰林学士胡广等重修。
至是命太子少师广孝；户部尚书夏原吉为监修官，翰林院学士兼左春坊大学胡广，国子祭酒兼翰林院侍讲胡俨，右春坊大学士兼翰林院侍读黄淮，右春坊右庶子兼翰林院侍讲杨荣为总裁官。左春坊左谕德兼翰林院侍讲学士杨士奇、金幼孜等为纂修官，皆賜敕勉励。
至十六年五月始成书，以修录要指皆出成祖授意，夏原吉进实录表所谓“爰纂成书，实由圣断”，故书成后，成祖极为得意。《成祖实录》卷一一〇：十六年五月庚戌朔，监修实录官行在户部尚书夏原吉、总裁官行在翰林院学士兼右春坊右庶子杨荣等上表进《太祖高皇帝实录》。上具皮弁服，御奉天殿受之，披阅良久，嘉奖再四曰：“庶几小副朕心！”
时姚广孝已先卒于本年三月戍寅，故进实录时不及之。同书又记：五月辛亥，赐重修实录监修官户部尚书夏原吉钞二百锭、彩币三表里、纱衣一袭。总裁官文渊阁大学士兼左春坊大学士胡广，翰林院学士兼右春坊右庶子杨荣，国子监祭酒兼翰林院侍讲胡俨钞百六十锭、彩币二表里、纱衣一袭。纂修官金幼孜、胡广、曾棨、邹缉、王英、余鼎、罗汝敬、李时勉、陈敬宗等有差。壬子赐修实录监修总裁纂修等官户部尚书夏原吉等三十八人宴于礼部。
此《明太祖实录》三次纂修之本末也。二修时即已革除建文年号，仍以洪武纪年，于靖难时记载尤多不实。尤以记方孝孺死难事，为明人所抨击最烈，郑晓《今言》卷六五：彭惠安公（韶）《哀江南词》，叙述建文死义之臣，至方逊志乃云：“后来奸佞孺，巧言自粉饰，叩头乞余生，无乃非直笔？”盖指西杨（士奇）辈修实录，书方再三叩头乞生者非实事也。
又卷二一三：方逊志在翰林宠任时，荐西杨。西杨修实录，乃谤方叩头乞余生。
士奇于《太祖实录》之三次纂修，皆预执笔，故后来史家多攻其无史德，《明史》卷一四八《杨士奇传》：建文初集诸儒修《太祖实录》，士奇已用荐征授教授当行，王叔英复以史才荐，遂召入翰林，充编纂官。
郑晓《今言》卷九：《太祖实录》三修：建文君即位初修，王景充总裁；靖难后再修，总裁解缙；缙得罪后三修，总裁杨士奇。初修、再修时，士奇亦秉笔。
沈德符《野获编》卷一：初修、再修时，杨文贞俱为纂修官，则前后三史，皆曾握管，是非何所取裁，真是厚颜！
孙承泽《春明梦余录》卷一三：《洪武实录》三修总裁杨士奇。初修、再修时，士奇皆秉笔，以一人而前后依违者甚多。
清全祖望《鲒埼亭集·移明史馆帖子》二：《太祖实录》已为杨士奇芟改失实。至纂修《书传会选》诸臣姓名，因其中有殉让帝难者，尽削去之。则后籍之不足凭如此！
至太祖朝事迹，如明初沉韩林儿于水，洪武十三年以后之胡惟庸、蓝玉、李善长诸党案，杀数万人，破十数万家，开国功臣，芟夷略尽，文臣如宋濂亦不免谪死，当时曾刊有《大诰》《二诰》《大诰三编》《昭示奸党录》诸书颁示天下，实录几全隐而不书。钱谦益曾发其覆，著《太祖实录辨征》一书，收入其所著《初学集》中。潘柽章则著《国史考异》，有《功顺堂丛书》本，二书均为治明初史事者所必读之书，文烦不备录。
