1852年2月12日，太平军又在黄州大败新任湖广总督吴文镕所率清军。四天后，太平军又一次占领汉口、汉阳。紧接着，石祥祯率领太平军由湖北挺入湖南。两湖督抚大员江忠源、吴文镕等先后战死，湖广震动。
当时，左宗棠居住在白水洞，从湘阴县城逃出的群众，告之太平军扬言要进山搜捕左宗棠及其家人。得知消息后，左宗棠将其家人送往湘潭辰山。太平军随后便攻占湘潭，与左宗棠带左夫人一行离开只相差了两个小时。左宗棠事后得知，深感万幸。
太平军的攻势越发地猛烈了。从2月27日至3月11日期间的十三天中，太平军连续攻克岳州、湘阴、靖港、宁乡等地，湘军只能退保长沙。之后太平军进逼靖港。
这时，长沙城的上下游几十里处，到处都有太平军。城中官民惴惴不安。骆秉章此时第三次派使者催促左宗棠出山。正是缘于死里逃生的侥幸，又加上骆秉章再三敦促再出，左宗棠感到时事更加棘手，一旦太平军攻入省城，后果不堪设想，于是不得已又一次进入湘幕。
左宗棠此番再入湘幕，面对的是太平军大兵压境的危急局势。
在此之前，当太平军由湖北入湖南之时，曾国藩已在衡州编成湘军陆师十五营、水师十营，实现了张亮基、左宗棠等人于湖南创设由绅士统领的军队之初衷。2月25日，曾国藩督率湘军自衡州出动，迎击太平军，并发布了著名的《讨粤匪檄》。
在《讨粤匪檄》里，曾国藩强调太平天国“荼毒生灵数百余万，蹂躏州县五千余里”，让“中国数千年礼义人伦诗书典则，一旦扫地荡尽”，这是“开辟以来名教之奇变，我孔子、孟子之所痛哭于九原”“鬼神所共愤怒”。接着又号召普天下“凡读书识字者，又乌可袖手安坐，不思一为之所也”！因为曾国藩站在了时代道德的制高点，所以成功地动员了广大的知识分子群体投身到了消灭太平军的斗争中，为日后的胜利打下了坚实的基础。
虽然太平军此前一度接连攻占了岳州、湘阴、靖港和宁乡等地，但还是由于后继不足，放弃了这些新占领的地方，撤回到了湖北。不过，太平军石祥祯部在与林绍璋部在湖北会合后，又重整旗鼓杀向湖南。他们一路南进，连克岳州、靖港等地。在太平军的攻势面前，湘军溃不成军，曾国藩也狼狈地撤回长沙。
由于骆秉章和左宗棠早有准备，因而长沙的防守极为严密，太平军诸将领商议之后决定留下一部扼守长沙北面的靖港，而林绍璋则率主力绕道宁乡直扑长沙西南的湘潭，两地相呼应，以成南北合围长沙之势。
4月24日，太平军按照计划成功攻占湘潭。曾国藩、骆秉章、左宗棠等人连忙聚在一起商讨对策。左宗棠审时度势提出了以湘军主力南攻湘潭而暂不北取靖港的建议。曾国藩听取了他的建议，派遣猛将塔齐布统领湘军陆师，褚汝航和彭玉麟率湘军水师赶往湘潭，水陆并进以夹击太平军。
曾国藩原本准备也动身前往湘潭，却在临行前改变了主意。他没有按预先的计划行事，而是亲率湘军主力进攻驻扎于靖港的太平军。曾国藩对这一战寄予极大希望，以为自己费尽心血打造出的这支家乡军队肯定会旗开得胜。不料靖港的太平军不仅兵力雄厚，而且早就有了准备，设下圈套专等曾国藩中计。
湘军水师临近靖港时，水急风紧，将湘军的战船全都吹到了太平军的兵营前面，想退都退不回来，太平军的大炮，猛烈轰击，结果，这些战船乱成一团，纷纷起火，很快，五营水师全军覆没。
曾国藩不肯放弃，又命令步兵进攻，可湘军步兵刚刚越过浮桥，就遭到太平军的迎头痛击。水师战败的阴影笼罩着步兵，他们早就心无斗志，掉头便跑。由于拥挤，连浮桥都被踩塌了，许多士兵被踩伤、踩死，或者掉进水中溺亡。
曾国藩见此惨状，连忙竖起一面大旗，上面大书：“过旗者斩！”自己还仗剑站在旁边，连砍数名溃卒。可是，湘军依旧兵败如山倒，眼前的现实令满怀希望而来的曾国藩实在无法接受，曾国藩在沮丧羞愤之下，跳入湘江投水自尽，所幸被随从章寿麟救起。回船以后，曾国藩仍然寻找机会自杀，其志仍在必死。
湖南大小地方官员闻此消息，无不幸灾乐祸，唯有左宗棠闻讯立即从长沙缒城而出，赶到湘江船上去看望曾国藩。尽管他对曾国藩的行为有一些意见，但他很清楚，像曾国藩这样有一片血诚、肯担重任的高官大吏天下无二，这支新练成的湘军已经是大清王朝为数不多的希望。如今长沙的形势危急异常，要想改变这种情况，全靠曾国藩的湘军。
为了打造这支保卫桑梓的武装，一年多来，已经由全省百姓付出了很多财力物力！如今，一旦曾国藩撒手西去，湘军的结果可想而知，湖南已经为湘军所作的巨大付出也就全部打了水漂，接下来，在太平军的南下攻势面前，已经没有防御力量的湖南，下场也就不难想象了。曾国藩的生命安危已经关乎天下大局。所以，在曾国藩最需要支持的时候，左宗棠毫不犹豫地挺身而出。
此时的曾国藩很是狼狈。他的衣服上沾染泥沙，痕迹犹在。左宗棠见状，责备曾国藩“事尚可为，速死非义”。曾国藩深为没有听从左宗棠的计策而懊恼不已，他尴尬羞愧，只能闭目不语。等左宗棠说够了，才睁开眼睛，让人拿来纸，写出所剩军火的数量，请左宗棠帮他查点一下。
幸亏此时湘潭大捷的消息传来，另一路湘军终于取得了大胜。塔齐布率部攻打湘潭，获得大捷。湘军水师到来后，又水陆夹击，将太平军船只焚烧殆尽，终于攻克湘潭，累计歼灭太平军一万多人。太平军被迫北撤。这场胜利是太平军兴以来清军所取得的最大一次胜利，其光芒足以掩过靖港大败。
湘军于5月1日获胜的消息传来时，曾国藩转悲为喜，从床上跳了下来。曾国藩、骆秉章、左宗棠在兴奋之余，又想一举把太平军逐出湖南。入湘的太平军也因湘潭战败，主动退守岳州，由进攻转入防御。
尽管左宗棠当面对曾国藩进行了丝毫不留情面的指责，但实际上却做了大量维护曾国藩的工作。靖港惨败之后，湖南官场再次掀起一股反对曾国藩的声浪，湖南布政使徐有壬带头要求对曾国藩进行弹劾，还有人干脆主张上奏朝廷解散湘军。
然而，左宗棠告诉湖南巡抚骆秉章，这些主张万万使不得，湘军的存亡，事关湖南的安危，而曾国藩在湘军中的地位，也是绝对无人能够替代的。因此，骆秉章十分清醒地顶住了这种势头，不为所动。
在左宗棠代骆秉章拟写的奏折中，最大限度地替曾国藩开脱靖港战败的责任，真可谓煞费苦心。这份奏折是这样叙述靖港之战的：
臣曾国藩以潭城逆贼屡被官军水陆痛剿，专盼靖港之贼救援，急应乘机攻剿，俾贼首尾不能相顾。明知水师可恃者均已调赴湘潭，陆路各营，除塔齐布、周凤山两营正在潭城剿贼，升用同知林源恩一营驻防平江，此外岳州、宁乡两次失利，阵亡湘勇约七八百名，又淘汰遣散湘勇已千余名，现存营者，仅及千名，难期得力。
而事机所在，又不敢不急切图之。是日卯刻，亲率大小战船四十只，陆勇八百，驰赴靖港上二十里之白沙洲，相机进剿。午刻，西南风陡发，水流迅急，战船顺风驶至靖港，不能停留，更番迭击。
逆贼在炮台开炮，适中哨船头桅，各水勇急落帆收泊靖港对岸之铜官渚。贼众用小划船二百余只，顺西风驶逼水营。水勇开炮轰击，炮高船低，不能命中。战船被焚十余只，随风飘散数只。水勇见势不支，纷纷弃船上岸，或自将战船焚毁，恐以资贼，或竟被逆贼掠取。
臣曾国藩在白沙洲闻信，急饬陆勇分三路迅扑靖港贼营，冀分贼势。陆勇见水勇失利，心怀疑怯，虽小有斩获，旋即却退。臣曾国藩见水陆气馁，万难得手，传令撤队回营，此又初二日靖港剿贼失利之实在情形也。
这份奏折的题目是“靖港击贼互有胜负湘潭大捷克服县城折”，文中不仅称靖港之役为“互有胜负”，并且把此役和湘潭大捷合在一起上报。湘潭一战，歼敌一万余人，是太平军征战时期整个战局的重大转折点，后来的李秀成把这次湘潭之战，总结为太平军的十次重大失败之一。
尽管曾国藩和湖南提督鲍起豹都在奏折上列衔，但毕竟是由骆秉章牵头写的，其可信度当然也就大不一样。
有了以上这些铺垫，曾国藩靖港之败的责任就显得微不足道了。因此，虽然曾国藩自请处分，但咸丰皇帝相信从骆秉章的角度讲述的内容应该是真实可靠的，于是仅仅作了这样的处理：
至屯踞靖港逆船，经曾国藩亲督舟师进剿，虽小有斩获，旋以风利水急，战船被焚，以致兵勇多有溃败。据曾国藩自请从重治罪，实属咎有应得。姑念湘潭全胜，水勇甚为出力，着加恩免其治罪，即行革职，仍赶紧督勇剿贼，戴罪自效。
湖南提督鲍起豹，自贼窜湖南以来，并未带兵出击，迭次奏报军务，仅止列衔会奏。提督有统辖全省官兵之责，似此株守无能，实属大负委任，鲍起豹着即革职。所有湖南提督印务，即着塔齐布暂行署理。
显然，对于曾国藩的革职留用，只是做做样子而已，相反，将与曾国藩矛盾甚深的鲍起豹革职，则是实实在在地支持了曾国藩。由左宗棠起草的这份奏折对曾国藩在当时形势之下究竟起着怎样的作用，如果仔细阅读，是不难品味得出的。
7月7日，湘军兵分三路直趋岳州。7月25日，湘军收复岳州。一个月后，太平军被迫全军退出湖南。湘潭大捷确立了湘军的声望，也让曾国藩在湖南的境遇立刻大大好转，他应骆秉章之请，重新搬回长沙办公。
当太平军撤出湖南回师湖北以后，左宗棠仍然打算辞别骆秉章的幕府，返归故乡。骆秉章又怎愿放过如此大才，于是诚心挽留，左宗棠被他诚意打动，最终勉强同意留下。
左宗棠尽心尽力地辅佐骆秉章，度过了近六年的幕宾生活。在这六年的时间中，他协助骆秉章办了三件大事：
第一件事是为湘军作战出谋划策，并筹措后勤供应；第二件事是改革赋税征收办法，积极筹措军饷；第三件事是在第二次鸦片战争中为抵抗外来侵略献计献策。并因此得到了咸丰帝的赏识。
正当左宗棠有望就此升腾之际，却因卷入两湖地区统治集团围绕“樊案”所展开的一场争权夺利之争，而险些身败名裂。
自1854年入幕后不久，骆秉章就对左宗棠言听计从。按左宗棠自己的话说：“所计画无不立从。一切公文，画诺而已，绝不检校”。由于骆秉章如此大胆放手，左宗棠也就毫不客气，把自己当成了真巡抚，将全省官员当成自己的下属，对那些品级很高的大员也不假颜色。
虽然在左宗棠的治下，湖南从刑名、钱谷、征兵、练勇与夫厘金、捐输，无不布置井井，洞中机要，但他的性格和作风却得罪了许多官员。有一太难，永州镇总兵樊燮因事谒见骆秉章，骆秉章让樊燮直接去见左宗棠。樊燮自恃大员身份，又认为左宗棠只是普通幕宾，故拒绝叩拜行礼。
清代重文轻武，左宗棠更是看不起胸无点墨的武官。左宗棠自认为是骆秉章的代表人，对轻慢于他的樊燮非常不满，怒气大发：“武官见我，无论大小，皆要请安，汝何不然？”
不料樊燮也是个倔性子，顶撞道：“朝廷体制，未定武官见师爷请安之例，武官虽轻，我也朝廷二三品官也。”
左宗棠平时最忌讳人家提他的“师爷”身份。中不了进士才给人家当师爷，这是表面上风光无限的左宗棠内心的隐痛。他最受不了别人因为他的师爷身份而轻视自己，因此勃然大怒，起身上前就踢了樊燮一脚，嘴里还大骂：“王八蛋，滚出去！”
不久，樊燮气极而向咸丰帝弹劾，却因潘祖荫等人支持左宗棠，樊燮反而被朝廷罢黜，革职回了老家。
左宗棠没有想到的是，樊燮与湖广总督官文关系极为密切。他向官文告状，呈控左宗棠以幕宾的身份把持湖南军政要务，一官两印，嚣张跋扈。官文上疏，将樊燮的诬告奏报朝廷。于是，清廷发下谕旨，令官文及湖北正考官钱宝青对左宗棠进行逮捕审办，“果有不法情事，可即就地正法。”一时之间，左宗棠岌岌可危。
然而，左宗棠毕竟是一个有影响的人物，京师中许多人为解救他而积极奔走。当时，郭嵩焘以编修官职，与侍读学士潘祖荫同在南书房当直。樊燮指控左宗棠一案正在加紧办理时，郭嵩焘对潘祖荫说，如果左宗棠一走，湖南就支持不下去了，必定垮台，东南大局也就没有指望了。于是，潘祖荫便上一道奏本为左宗棠辩解：
楚南一军，立功本省，援应江西、湖北、广西、贵州，所向克捷，由骆秉章调度有方，实由左宗棠运筹决胜，此天下所共见，而久在我圣明洞鉴中也。上年逆酋石达开回窜湖南，号称数十万，以本省之饷，用本省之兵，不数月肃清四境。其时贼纵横数千里，皆在宗棠规画之中，设使易地而观，有溃裂不可收拾者。是国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无左宗棠也。
宗棠为人负性刚直，嫉恶如仇，湖南不肖之员，不遂其私思，有以中伤之久矣。湖广总督官文，惑于浮言，未免有引绳批根之处。宗棠一在籍举人，去留无足轻重，而楚南事势关系尤大，不得不为国家惜此才。
曾国藩也为营救左宗棠而积极努力。咸丰帝将此案交湖北正考官钱宝青审办，钱宝青是曾国藩的门生，于是曾国藩以师座身份，请他设法缓解。因为曾国藩、郭嵩焘、胡林翼、潘祖荫等人的大力相助，左宗棠才没有被逮捕。而潘祖荫奏本中的一句“国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无左宗棠”今日则早已广为人知。
咸丰皇帝的重臣肃顺也接受了其幕宾王闿运的说项，到咸丰皇帝面前为左宗棠说情。此时官文也在窥视京师的风向，因此也未敢对左宗棠加以处置。
“樊案”的实质，正反映了满族地方要员与新崛起的汉族地方势力的重重矛盾。在太平天国起义后，身居要位的满族贵族对太平军的勇猛攻势束手无策，恰恰是以汉族地主势力为代表的湘系集团的兴起，使清王朝得以支撑东南危局。因此，尽管曾国藩、左宗棠等人并没有得到官府的实职，却能独立操纵战事，而身为总督的官文则只能成为陪衬。所以，官文等人便借此事大做文章。
左宗棠深为遭此谤陷而痛感官场的险恶，经过此事之后，左宗棠打定主意准备再次进京参加为咸丰皇帝三十华诞而特开的“恩科”会试。他还打算以此次北上会试之机，直陈于朝，在咸丰皇帝面前剖白此事原委。于是他辞别湖南巡抚骆秉章，荐刘蓉入湘幕，从而结束了他的第二次幕宾生涯。
