天启皇帝是在偏殿木工房外御书房召见的陆侍郎。他几乎将陆澄平的履历默记了下来，尤其令陆澄平意外的是皇帝居然说出了他武功的门派。陆澄平武功出自一个极其隐秘的江湖门派，这个门派弟子极少，在陆澄平出江湖前并不彰显，没想到皇上竟然能准确说出陆澄平是钱塘葛岭抱朴天尊门下唯一弟子。
天启皇帝见说出他的武功门派令陆澄平万分惊愕，不由也颇为得意，不待陆澄平问及缘由就坦诚相告：“朕有一位布衣好友，也算是钱塘葛岭门下弟子。”见陆澄平又有询问之意，他马上接着道：“这位布衣好友与朕有约，暂时不好告知姓名。”停顿了一下，似乎观察对方反应后又轻声言道：“熊廷弼劝你知难而退，你能够为朕分忧，朕心甚慰。”
陆澄平听完皇上轻声一句话，直如五雷落顶，顿时炸出满头满身冷汗。东厂密探无处不在，自己与熊廷弼的谈话何等私密，也立即被皇上知道，看来自己必须马上为熊廷弼全力开脱才是。他正想着如何开口，就听皇帝又轻言轻语道：“你不必为熊廷弼遮掩，是朕密旨让他试探你的。朕绝不是疑你忠诚，而是想以卿之坚毅，安朕之决心。”
陆澄平此时有万语千言在心，只是无力也无法表达，只哽咽着说出一句话：“臣肝脑涂地，不足报陛下隆恩于万一。”
关于查案之事，天启皇上授陆澄平以全权，并交代一直随侍在侧的大太监魏忠贤，凡是陆澄平查案需要，立即照准照办。天启皇帝还意味深长地告诫魏大太监不许插手案件，之后天启皇上就忙着去干木匠活了。
天启皇帝这次召见陆澄平，交办案件时只是一般性地提及梃击太子案、红丸案和移宫案，对盗御用工具案一句也没有交代，天启皇帝真正关注的是一桩刚刚露出端倪的通敌叛国和谋反大案。
事件是锦衣卫在通州查一桩漕运走私案引发的。北京的锦衣卫接到密报，通州押运同知在漕船上走私茶叶，通判收受巨额贿赂知情不举。东厂报与魏忠贤，魏忠贤起初以为只是一桩普通的漕运官员以权谋私案，没有向皇上申报就派锦衣卫密赴通州侦缉。按照密报的提示，锦衣卫准确劫下了两艘运河粮船，搜出了夹带的茶叶，可是接下来的进一步搜查令他们惶恐万分、胆战心惊——在这两艘运粮船上赫然发现了军械和火药，在每艘船底仓竟然各藏了一门红夷大炮。
主办官是个五品千户，知道案情重大立即抓了两条船上所有护漕官兵和役夫，封存两条船，同时紧急上报指挥使和东厂。这个千户是个有头脑的，魏忠贤的指令是拿到走私货物再请旨抓那个同知和通判，但现在案情重大，来不及请旨就直接带人去抓那两个犯官。通判顺利抓到，那个同知武功很高并且公然拒捕，杀了三名锦衣卫逃脱了。
之后在同知家里除了抄出很多赃银，还抄出他与女真大将之间往来信件，信中所及近年来通过通州漕运密运军械卖给女真军队数量非常之大，他所获的赃银与府内抄没之数相差极大。能够长期大批量从漕运上贩卖军械火药火器牵涉面极广，涉及很多衙门，包括内阁和兵部、户部、漕运总督。这应该是编织了一张很可怕的大网，在一股或几股很强大的势力操纵下才能够做到，一个小小通州漕运同知在其中应该只是个小角色。
同知拒捕逃脱时，怀中揣了一样重要物证，在与锦衣卫打斗时遗落，这个物证竟然与大明朝初年一个天大人物和天大事件有关。
惊天大案由魏忠贤奏报天启皇帝，天启皇帝与奴才魏忠贤两人多次参详，认定这是一起谋逆通敌双重大案，通州漕运只是冰山一角。这背后究竟暗藏着什么？有多少文武官员牵涉在内？对朝局影响到什么程度？下一步还会出现什么意想不到的大变故？这些问题到底如何处置？这都是必须考虑的问题。
第一件要紧的是保密，凡是与案件有关的人全要管控起来，对朝野只宣称通州漕运同知和通判私贩茶叶牟利，通判归案，同知拒捕被锦衣卫殛伤在逃，案件正由东厂、锦衣卫办理。第二件要紧的就是以督下不力为名将漕运总督刘之谦革职，在淮安由锦衣卫就地看管，不审不论与世隔绝，察看刘之谦在京家产，老家财产由地方察看，漕运总督由南直隶巡抚江锦辉署理。这样做是让朝中文武以为通州案件虽然小，却株连到漕运总督这样正二品大员，处置不为不重，这样方能转移关注度利于办案。同时东厂增派出一倍人员，强化对辽东军政大员的秘密监督。
最后也最重要的就是查案大臣由什么人担任。
陆澄平文武双全胆识过人，有江湖背景与朝廷朋党无涉，忠心耿耿且又熟悉辽东军政，这正是为天启皇帝量身打造的钦差查案大臣。
于是陆澄平被魏公公在满朝文武中遴选出来给天启，天启与另外一人意见一致，最后才在朝堂上钦点陆澄平。
